@damonSynthID Bio: Google DeepMind Yapay Zekanın Tasarladığı Proteinlere Görünmez Filigran Ekliyor
Google DeepMind, yapay zekayla tasarlanan proteinlere görünmez bir imza ekleyen SynthID Bio'yu tanıttı ve çalışmayı Nature'da yayımladı. Yöntem, imzayı hem proteinin amino asit dizisine hem de tahmin edilen üç boyutlu yapısının atom koordinatlarına gizliyor. Dizi tarafında model, proteini üretirken amino asit seçimlerini fark edilmeyecek ölçüde yönlendiriyor; yapı tarafında ise koordinatlarda küçük ayarlamalar yapılıyor. DeepMind'a göre imza, protein sentezlendikten sonra fiziksel protein üzerinde de doğrulanabiliyor.
En kritik soru, filigranın proteinin işini bozup bozmadığıydı. Ekip, VEGF-A, SARS-CoV-2'nin spike proteinindeki bağlanma bölgesi ve PD-L1 olmak üzere üç hedefe karşı tasarlanan bağlayıcı proteinleri laboratuvarda test etti. Filigranlı tasarımlar, filigransız olanlarla isabet oranı, bağlanma gücü ve doğal dizi çeşitliliği açısından aynı performansı gösterdi.
Bu çalışmanın amacı biyogüvenlik. Protein tasarım araçları güçlendikçe, kötü niyetli birinin bu araçlarla bir toksin tasarlaması ya da bir virüs proteinini değiştirmesi ihtimali konuşuluyor. Bugün DNA sentezi yapan şirketler gelen siparişleri tarıyor, ama bir siparişin doğal bir proteini mi yoksa yapay zekanın tasarladığı bir proteini mi kodladığını güvenilir biçimde ayırt edemiyor. Filigran, bu tarama sürecine yeni bir sinyal ekliyor.
DeepMind sınırları da açıkça yazıyor. Filigranın bilinçli müdahaleye karşı dayanıklılığı henüz çözülmüş değil ve kısa proteinlerde güvenilir bir imza taşıyacak kadar amino asit bulunmayabiliyor. Yani bu bir kilit değil, bir etiket; ama bilimin en hızlı büyüyen alanlarından birinde ilk ciddi etiket.
En kritik soru, filigranın proteinin işini bozup bozmadığıydı. Ekip, VEGF-A, SARS-CoV-2'nin spike proteinindeki bağlanma bölgesi ve PD-L1 olmak üzere üç hedefe karşı tasarlanan bağlayıcı proteinleri laboratuvarda test etti. Filigranlı tasarımlar, filigransız olanlarla isabet oranı, bağlanma gücü ve doğal dizi çeşitliliği açısından aynı performansı gösterdi.
Bu çalışmanın amacı biyogüvenlik. Protein tasarım araçları güçlendikçe, kötü niyetli birinin bu araçlarla bir toksin tasarlaması ya da bir virüs proteinini değiştirmesi ihtimali konuşuluyor. Bugün DNA sentezi yapan şirketler gelen siparişleri tarıyor, ama bir siparişin doğal bir proteini mi yoksa yapay zekanın tasarladığı bir proteini mi kodladığını güvenilir biçimde ayırt edemiyor. Filigran, bu tarama sürecine yeni bir sinyal ekliyor.
DeepMind sınırları da açıkça yazıyor. Filigranın bilinçli müdahaleye karşı dayanıklılığı henüz çözülmüş değil ve kısa proteinlerde güvenilir bir imza taşıyacak kadar amino asit bulunmayabiliyor. Yani bu bir kilit değil, bir etiket; ama bilimin en hızlı büyüyen alanlarından birinde ilk ciddi etiket.
10 1 yorum