Yapısal inovasyonlar mevcut ürün veya sürecin bir bileşeninde yapılan yenilik sonucu meydana gelen değişimin, diğer tüm sürece ve bileşenlere yansımasıyla ortaya çıkar. Mevcut sistemler üzerinde yapılan değişiklerin bu sisteme bağlı diğer bileşenleri de etkileyerek yeniliğin gerçekleştirilmesi söz konusudur. Yapısal inovasyonun en önemli özelliklerinden biri yeniliğin gerçekleştirildiği ürün veya süreçlerin ana hatlarına, tasarımlarına dokunulmamasıdır. Diğer bir deyişle mevcut ürün tasarımlarının yeni bir yapıda kullanılması ile ortaya çıkan yenilik gerçekleştirilmektedir. Bu nedenle bileşenler arasındaki etkileşimi güçlendirdiği düşünülmektedir. Bu açıdan değerlendirildiğinde arttırımsal inovasyondan pek bir farkı olmadığı düşünülebilir. Ancak bu iki inovasyon türü arasındaki farkı bir örnekle açıklamak yararlı olacaktır. Odaları havalandırmak için tavana asılı şekilde kullanılan tavan vantilatörlerinin motorunu güçlendirmek, çıkarmış olduğu sesi azaltmak için yenilikler geliştirildiğinde bunlar arttırımsal inovasyon olarak değerlendirilmiştir. Ancak merkezi havalandırma sistemine geçişle birlikte bu sisteme ilişkin geliştirilen yenilikler tamamen farklı bir ürün olması nedeniyle radikal inovasyonlar olarak nitelendirilebilir. Daha büyük tavan vantilatörleri veya taşınabilir havalandırma sistemleri gibi yenilikler ise yapısal inovasyon olarak örneklendirilebilir. Çünkü kullanılan teknoloji mevcut ürünle aynı kalırken yeni ürünün yapısal özellikleri (taşınabilir olması gibi) daha farklı olacaktır. (Henderson ve Clark, 1990). Örnekten de anlaşılacağı üzere radikal inovasyon, arttırımsal inovasyon ve yapısal inovasyonlar birbirinden farklı ama birbirini destekler niteliktedir.